Нютон е роден на 25 декември 1642 г. по стар стил в Улсторп при Колстъруърт, селце близо до град Грантъм в английското графство Линкълншир. Раждането му е преждевременно и той е дребно бебе, на което не давали много шансове да оживее. Нютон се ражда три месеца след смъртта на баща си, заможен селянин, който също се казва Исак Нютон и който умира по време на Английската гражданска война. Затова известно време живее с доведен баща, който не харесва. Започва образованието си около 1655 г. в Кралското училище в Грантъм, където показва необикновени способности, най-вече в конструирането на различни механизми. През юни 1661 г. е приет в „Тринити Колидж“ в Кеймбриджкия университет, където работи, за да покрива част от разходите за обучението си. Дипломира се през 1665 г. Нютон живее по време, когато не се прави разлика между наука и алхимия. В Англия от онова време заниманията с алхимия са забранени и уличените подлежат на публично наказание, включително обесване. Но бъдещият великан на откривателството

 въобще не го е било страх от наказание
 
да се върне във фамилното имение
 
Ябълковото дърво в имението му
 
посещавано от милиони туристи от цял свят