Най-старият щам на чумния бацил, Yersinia pestis, е открит в останките на ловец събирач преди пет хиляди години. Както се вижда от генетичния анализ, прародителят на патогена на чумата, причинил пандемията на Черната смърт през Средновековието, в началото е бил по-малко заразен и по-малко смъртоносен. Това се съобщава в статия, публикувана в списанието Cell Reports. Останките, обозначени като RV 2039, принадлежат на мъж на 20-30 години. Те са открити в края на 19 век в района на Инчукалнс в Латвия, но след това са временно изгубени до 2011 г., когато са намерени в колекцията на германския антрополог Рудолф Вирхов. Останките на още трима души също са намерени на мястото на погребението, най-вероятно принадлежащи към същата група ловци събирачи. Изследователите анализираха проби от зъбни тъкани и черепни тъкани от всички четирима души, за да подредят техните геноми, и след това тестваха за бактериални и вирусни патогени. Те идентифицират генетичния материал на Y. pestis вътре в костите на RV 2039 и след това реконструират бактериалния геном и го сравняват с геномите на други древни щамове. Оказа се, че чумният бацил е част от родословие, възникнало преди седем хиляди години, само няколкостотин години по-късно, когато Y. pestis се разделя с прародителя си Yersinia pseudotuberculosis. Ранният щам се характеризира с липсата на няколко гена, характерни за варианта, причинил средновековната пандемия, отнела живота на половината от населението на Европа. Например, липсва ген, който насърчава прехвърлянето на микроорганизъм от бълхи към хората и образуването на бубони при болни хора с бубонна форма на заболяването. Този тип пренасяне на бълхи също изисква смъртта на човека гостоприемник, след което насекомите започват да се разпространяват и върху други хора, разпространявайки патогена. Разработването на тази адаптация срещу чума отнела над хиляда години. Не е известно какви симптоми на болестта е претърпял ловецът с номер RV 2039. Бактериите са се заселили в кръвта му и най-вероятно той е починал от бактериална инфекция. Високото инфекциозно натоварване на кръвоносните съдове е свързано именно с по-малко агресивната форма на заболяването. Хората, които са били погребани до заразените, не са показали признаци на инфекция, така че е малко вероятно чумният бацил да се предава по въздушен път. Най-вероятно инфекцията е възникнала чрез ухапване на гризач и не се е разпространила сред хората около него. Откритието противоречи на твърденията на някои историци, според които патогените на чумата са еволюирали в градове близо до Черно море, в които са живели над 10 хиляди души. Преди пет хиляди години обаче все още не са съществували големи селища, а земеделието в Централна Европа едва започва да се развива. Откритието също така позволява да се отхвърли хипотезата, че чумата е причинила значителен спад на населението в Западна Европа в края на неолита. От ранната пролет на 1348 г. чумната зараза престанала на предпочита единствено пристанищните градове и след нашествието си в региона на Тоскана започнала похода си навътре в континента. След заразата на Пиза и Пистоя в последния град бил създаден градски комитет за надзор върху общественото здраве, по подобие на венецианския такъв. Били издадени заповеди, като например труповете да се погребват не набързо и направо в земята, а в плътно заковани ковчези, а гробовете да се копаят с не по-малко от половин метър дълбочина. В Испания чумата проникнала по два пътя – чрез баските села в Пиренеите и през пристанищата в Барселона и Валенсия. В началото на 1348 г. заразата вече била силно разпространена. От нея умрели кралицата на Арагон Елеонора, а кралят на Кастилия Алфонсо ХІ Справедливи починал във военния си лагер по време на обсадата на Гибралтар през март 1350 г. По-нататък маршрутът на чумата засегнал Източното и Южното Средиземноморие – Газа, Сирия, Палестина... Арабският пътешественик Ибн Батута разказва, че мюсюлманите устройвали шествия и спазвали строг пост, за да смирят гнева на Аллах. Огромен брой поклонници се устремили към Мека, като по този начин извършили нещо кошмарно, защото пренесли чумата на цял нов полуостров – Арабския. Независимо че другият важен град на Пророка – Медина – останал по неизвестни причини незасегнат – в Мека загинали страхотно много местни хора. Както съобщава норвежкият историк и изследовател на темата Оле Бенедиктов, мюсюлманите и християните в Мека, търсейки причина за страшната зараза, заедно се нахвърлили върху меканските евреи с обвинения, че те с присъствието си в свещения град са навлекли гнева на Аллах. През есента на 1348 г. чумата заразила и страхотно опустошила Бордо и Париж. Университетът в града загубил много преподаватели и студенти, а заради цялостното намаляване на населението се наложило значително да снижи изискванията за прием към кандидат-студентите си. През януари 1349 г. чума се появила и в Уелс, а сетне Навара и Ирландия, Скандинавието, Швейцария, Австрия и Унгария, а през 1350 г. и в Полша. Трябва да се отбележи обаче, че отделни райони на Франция, Навара, Финландия и Бохемското кралство по неизвестни причини не били засегнати от тази чумна пандемия, но през 1360 – 3 г. по-късно, били поразени от нова вълна, и най-вече от бубонна чума.